Родился в 1972 г. в Москве. Окончил факультет журналистики Московского государственного университета по специальности «литературный работник телевидения, журналист» и Коломенскую духовную семинарию. Работал в Государственном комитете СССР по телевидению и радиовещанию, затем в Издательском отделе Московского Патриархата.

В 1996 г. в Свято-Екатерининском ставропигиальном мужском монастыре пострижен в монашество. В том же году рукоположен в иеродиакона, в 1997 г. — в иеромонаха.

В 1997–2010 гг. — настоятель нескольких приходов Московской областной епархии, наместник Николо-Пешношского мужского монастыря, член епархиальных отделов по издательской деятельности, по связям со СМИ, по реставрации и строительству.

В 2010 г. Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом переведен на пастырское служение в Москву.

В 2010–2015 гг. — секретарь духовного собора, председатель издательского совета Донского ставропигиального монастыря г. Москвы, руководитель пресс-службы монастыря и пресс-службы Синодального комитета по взаимодействию с казачеством.

В 2012 г. окончил школу иностранных языков American Business Studies при МГУ им. М. В. Ломоносова.

В 2015 г. направлен в командировки в Иорданию и Вьетнам.

В 2016 г. направлен в командировку в Русскую духовную миссию в Иерусалиме. 21 октября 2016 г. определением Священного Синода Русской Православной Церкви назначен членом Русской духовной миссии в Иерусалиме.

В 2017–2020 гг. — слушатель факультета библейских наук Studium Biblicum Franciscanum (Pontificia Universitas Antonianum, Рим).

В 2018–2022 гг. прикреплен соискателем ученой степени кандидата богословия к Общецерковной аспирантуре и докторантуре им. святых равноапостольных Кирилла и Мефодия по кафедре внешних церковных связей. Защитил диссертацию на тему: «Владения Русской духовной миссии Московского Патриархата в Святой земле: Церковная значимость, история, современный статус».

Действительный член Русского географического общества и Императорского православного палестинского общества. Кандидат богословия.

Образование:

1996 г. — Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова.
2006 г. — Коломенская духовная семинария.
2012 г. — Школа иностранных языков American Business Studies при МГУ им. М. В. Ломоносова.
2020 г. — Studium Biblicum Franciscanum, Иерусалим (Pontificia Universitas Antonianum, Рим).
2021 г. — Общецерковная аспирантура и докторантура.

Научные труды, публикации:

Иеромонах Никон (Головко). В церквах благословите Господа. 2004. URL: https://rk.ru/books/v-cerkvah-blagoslovite-gospoda-ieromonah-nikon-golovko-istoriya-sela-mihajlovskoe-domodedovskij-g-o-moskovskoj-obl-i-hrama-arhangela-mihaila/

Иеромонах Никон (Головко Д.С.). Открытие «Второй Лавры». Портал «Православие.Ru», 2007. URL: https://pravoslavie.ru/3579.html

Шарапов С. А., Улыбышева М. А. Бедность и богатство. Православная этика предпринимательства / Под ред. игумена Никона (Головко), А. Анисимова. М. Ковчег, 2011, 2013.

Игумен Никон (Головко), Божутина Т. Д., Стародубцев О. В. Донской ставропигиальный мужской монастырь. М., Донской ставропигиальный мужской монастырь, 2014.

Игумен Никон (Головко). Возрождение монашеской жизни в Донском монастыре. 2014. URL: http://old.donskoi.org/?p=19907

Игумен Никон (Головко). Образцовый устав и его благодатные плоды / Статья в 3 частях.
Часть. 1: Порядок монастырского богослужения. URL: http://donskoi.org/content/obrazcovyj-ustav-i-ego-blagodatnye-plody-chast-1-poryadok-monastyrskogo-bogosluzheniya
Часть. 2: Череда церковная и чин келейный. URL: http://donskoi.org/content/obrazcovyj-ustav-i-ego-blagodatnye-plody-chast-2-chereda-cerkovnaya-i-chin-kelejnyj
Часть. 3: Монастырские должности и послушания. URL: http://donskoi.org/content/obrazcovyj-ustav-i-ego-blagodatnye-plody-chast-3-monastyrskie-dolzhnosti-i-poslushaniya

Игумен Никон (Головко), Жаров В. Ю. 170 лет служения в Святой Земле / Документальный фильм, 2017. URL: https://youtu.be/t3NwgNvrLgs

Игумен Никон (Головко Д. С.). Русская земля в Хевроне: церковная значимость, история, современный статус // Христианство на Ближнем Востоке. 2019. №4. С. 4-23. ISBN 2587-9316

Екатерина (Копыл), инокиня. Храм Гроба Господня. Путеводитель: схемы, история, святыни / текст инокини Екатерины (Копыл); общая редакция, план прохода к Храму Воскресения, обработка схем игумена Никона (Головко). Иерусалим: Русская Духовная Миссия в Иерусалиме, 2020. 256 с. ISBN 978-965-599-016-4

Игумен Никон (Головко Д. С.). Участок Русской духовной миссии в Иерихоне: церковная значимость, история, современный статус // Христианство на Ближнем Востоке. 2020. №1. С. 4-24. ISBN 2587-9316.

Игумен Никон (Головко Д. С.). Русские особняки на улице Пророков в Иерусалиме // Христианство на Ближнем Востоке. 2020. №5. С. 202-218. ISBN 2587-9316.

Никон (Головко), игумен. Русское подворье на Месте Крещения Господня на Иордане: значимость, проблемы и задачи современности // Омские научные чтения-2020. 2020. С. 2298-2304.

Никон (Головко Д. С.), игумен. Церковно-исторический аспект формирования и бытия Русской Палестины: от момента зарождения до наших дней // Богословский сборник Тамбовской духовной семинарии. 2022. No 4 (21). С. 61-82.

Вах К.А., Никон (Головко), игумен. Руммание: забытый памятник I тыс. до н.э. — I тыс. н.э. на русском участке в Иерусалиме // Православный Палестинский сборник. М., 2023. Вып. 121. С. 84–107.